Στις αρχές του 1825 η Ελληνική Επανάσταση διέτρεχε μεγάλο κίνδυνο, όχι μόνο από τον Ιμπραήμ, αλλά και εξαιτίας του εμφύλιου σπαραγμού. Ο αιγύπτιος πολέμαρχος, μετά την κατάληψη του Νεόκαστρου (κάστρου της Πύλου), γρήγορα έγινε κυρίαρχος σχεδόν όλης της Μεσσηνίας και ετοιμαζόταν να βαδίσει κατά της Τριπολιτσάς, διοικητικού κέντρου της Οθωμανικής Πελοποννήσου, που κατείχαν οι Έλληνες από το 1822.
Στις απελευθερωμένες περιοχές κυβερνούσε το «Εκτελεστικό» υπό τον Γεώργιο Κουντουριώτη, ενώ οι αρκετοί οπλαρχηγοί (Κολοκοτρώνης κ.ά.) βρίσκονταν στις φυλακές, θύματα της εμφύλιας διαμάχης. Ο Παπαφλέσσας, που ασκούσε καθήκοντα Υπουργού Στρατιωτικών, διείδε τον κίνδυνο που διέτρεχε η Επανάσταση και παρότι πολιτικός φίλος του Κουντουριώτη και αντίπαλος του Κολοκοτρώνη, εισηγήθηκε την απελευθέρωση των φυλακισμένων οπλαρχηγών. Συν τοις άλλοις, συναντούσε απροθυμία να συγκροτήσει ένα επαρκές στράτευμα για την αντιμετώπιση του Ιμπραήμ.
Στα μέσα Μαΐου αποφάσισε να αναλάβει δράση και να αντιπαρατεθεί ο ίδιος με τον εχθρό, σε μια προσπάθεια να αφυπνίσει τους Έλληνες. Είχε όμως και πολιτικά κίνητρα το σχέδιό του. Ήλπιζε ότι με μια νίκη κατά του Ιμπραήμ θα αποκτούσε δύναμη για να ανατρέψει την κυβέρνηση Κουντουριώτη και να σχηματίσει κυβέρνηση εθνικής σωτηρίας. Με λίγους άνδρες αναχώρησε από το Ναύπλιο και αφού διέσχισε την Πελοπόννησο κατέλαβε την ανατολική πλευρά του όρους Μάλα στο Μανιάκι της Μεσσηνία, μία ορεινή περιοχή που «βλέπει» όλη την περιοχή μέχρι το Νεόκαστρο και από όπου θα είχε καλύτερη εποπτεία των κινήσεων του εχθρού.
Ο Ιμπραήμ με τις υπηρεσίες πληροφοριών που διέθετε εντόπισε εύκολα τις θέσεις των ανδρών του Παπαφλέσσα και κινήθηκε εναντίον του με 6.000 πεζούς και ιππείς. Ο Παπαφλέσσας μόλις και μπόρεσε να παρατάξει 1.300 άνδρες, αν και σύμφωνα με τις υποσχέσεις των οπλαρχηγών η ελληνική δύναμη θα έπρεπε να αγγίζει τους 10.000 άνδρες. Κατασκεύασε πρόχειρα προχώματα και παρέταξε τους άνδρες τους σε άμυνα τριών σειρών. Κάποιοι από τους οπλαρχηγούς του πρότειναν να δώσουν αλλού τη μάχη, επειδή η περιοχή ήταν ακατάλληλη και ότι τα ταμπούρια που είχαν κατασκευάσει θα ήταν εύκολη υπόθεση για το αιγυπτιακό ιππικό. Ο Παπαφλέσας επέμεινε να δώσει τη μάχη στο Μανιάκι, υπολογίζοντας στις ενισχύσεις που περίμενε.
Με τη θέα των ορδών του Ιμπραήμ στις 19 Μαΐου 1825, αρκετοί από τους Έλληνες καταλήφθηκαν από φόβο και αρνήθηκαν να πολεμήσουν. «Είχε μαυρίσει ο κάμπος από τον πολύν στρατόν» γράφει χαρακτηριστικά ο Φωτάκος (Φώτιου Χρυσανθόπουλου ή Φωτάκου: «Βίος Παπαφλέσσα», 1868). Σχεδόν αμέσως άρχισαν οι διαρροές. Το σύνθημα της αποχώρησε έδωσε ο μανιάτης οπλαρχηγός Σταυριανός Καπετανάκης με δέκα άνδρες και στη συνέχεια η φυγή γενικεύτηκε. Το ελληνικό στρατόπεδο δεν αριθμούσε πάνω από 600 άνδρες.
Η μάχη άρχισε το πρωί της 20ης Μαΐου 1825 και κράτησε περίπου οκτώ ώρες. Για τους πεπειραμένους Αιγύπτιους και τους Γάλλους αξιωματικούς τους δεν ήταν δύσκολο να κάμψουν την αντίσταση των λιγοστών Ελλήνων, παρότι πολέμησαν με υπέρμετρη γενναιότητα. Εισέβαλαν στα ταμπούρια τους και τους σκότωσαν σχεδόν όλους, ανάμεσά τους και τον Παπαφλέσσα. Ήταν μια άνιση μάχη από όλες τις πλευρές και έφερε στη μνήμη πολλών τη Μάχη των Θερμοπυλών και τη θυσία των 300 του Λεωνίδα. Οι ενισχύσεις έφθασαν σχεδόν κατόπιν εορτής. Οι 1.300 άνδρες του Δημητράκη Πλαπούτα μόλις που πρόλαβαν να ρίξουν μερικές τουφεκιές, ενώ ο αδελφός του Παπαφλέσσα, Νικήτας Φλέσσας, με 700 άνδρες προτίμησε να αποσυρθεί μόλις έμαθε την καταστροφή.
Μετά τη μάχη, ο Ιμπραήμ αναζήτησε τον νεκρό Παπαφλέσσα. Του έφεραν ένα ακέφαλο πτώμα. Διέταξε να βρεθεί και η κεφαλή του και αφού στερέωσαν όρθιο σε ένα κορμό δέντρου το σώμα του, του πρόσδεσαν και το κεφάλι, ώστε να παρέχει την εντύπωση ζωντανού ανθρώπου. Τότε ο Ιμπραήμ, κατά τον Φωτάκο, τον κοίταξε άφωνος για λίγο, έκαμε μια χειρονομία σεβασμού και θαυμασμού και είπε: «Πράγματι αυτός ήτο ικανός και γενναίος άνθρωπος. Καλύτερα να επαθαίναμεν άλλην τόσην ζημίαν, αλλά να τον επιάναμεν ζωντανόν».
Μετά τη νίκη του στο Μανιάκι, ο Ιμπραήμ ολοκλήρωσε την κατάληψη της Μεσσηνίας με την πυρπόληση της Καλαμάτας και στη συνέχεια στράφηκε κατά της Τριπολιτσάς, την οποία κατέλαβε στις 11 Ιουνίου 1825. Εν τω μεταξύ, από τις 17 Μαΐου ο Κολοκοτρώνης είχε αποφυλακιστεί και διοριστεί αρχιστράτηγος των ελληνικών δυνάμεων. Ως στρατηγική αντιμετώπισης του Ιμπραήμ επέλεξε τον κλεφτοπόλεμο, την ανύψωση του ηθικού του πληθυσμού και την καταπολέμηση του «προσκυνήματος» τύπου Νενέκου.