Στην επιστήμη ως ερμαφρόδιτος οργανισμός ορίζεται ο οργανισμός που έρχεται στη ζωή με γεννητικά όργανα τόσο αρσενικά όσο και θηλυκά. Ο Ερμαφρόδιτος ήταν πρόσωπο της μυθολογίας, γιος του Ερμή και της Αφροδίτης. Οι δύο θεοί ενώθηκαν και έκαναν ένα αγόρι, ο οποίος κληρονόμησε την ομορφιά της μητέρας του και την ευστροφία του πατέρα του.
Ο Ερμής και η Αφροδίτη έδωσαν το παιδί να το μεγαλώσουν οι Νύμφες, κάτι που ήταν σύνηθες στον κόσμο των θεών. Εκείνες, βλέποντας ότι το μωρό συνδύαζε τις χάρες των γονιών του, του έδωσαν το όνομα Ερμαφρόδιτος. Μεγαλώνοντας, ο όμορφος νέος έφυγε από τις Νύμφες για να γυρίσει μόνος του τον κόσμο.
Καθώς τριγυρνούσε στην περιοχή της Μικράς Ασίας βρέθηκε σε ένα πανέμορφο τοπίο, στην πηγή Σαλμακίδα. Εκεί, όπως συνέβαινε σε κάθε πηγή της μυθολογίας, ήταν κρυμμένη η ομώνυμη νύμφη. Η Σαλμακίδα ήταν ξανθιά, όμορφη και φιλάρεσκη.
Δεν της άρεσε να τρέχει στα βουνά με το δόρυ της, όπως οι αδελφές της, αλλά προτιμούσε να κάθεται στην πηγή, να χτενίζει τα μακριά μαλλιά της και να θαυμάζει το είδωλο της. Όταν είδε τον Ερμαφρόδιτο η Σαλμακίδα, τον ερωτεύτηκε και θέλησε να τον κάνει δικό της.
Ο νεαρός όμως δεν έδειξε ενδιαφέρον και δεν ανταποκρίθηκε στα ερωτικά της καλέσματα. Τότε η Σαλμακίδα αποφάσισε να παγιδεύσει τον αγαπημένο της. Υποκρίθηκε την αδιάφορη και απομακρύνθηκε επιδεικτικά από την πηγή.
Δεν έφυγε όμως, αλλά κρύφτηκε σε ένα σημείο και παρακολουθούσε τον Ερμαφρόδιτο. Ήταν σίγουρη ότι θα μαγευόταν από την ομορφιά της πηγής και θα αποφάσιζε να βουτήξει στα νερά της. Όπως κι έγινε.
Ο Ερμαφρόδιτος έβγαλε τα ρούχα του και έπεσε στο νερό, νομίζοντας ότι ήταν μόνος του. Η Σαλμακίδα εμφανίστηκε ξαφνικά, έβγαλε και εκείνη τα ρούχα της και βούτηξε στην πηγή.
Τον πλησίασε και άρχισε να τον αγκαλιάζει και να τον φιλάει, προσπαθώντας να τον κάνει δικό της. Ο Ερμαφρόδιτος αντιστάθηκε με όλη του τη δύναμη και οι δύο νέοι κατέληξαν να παλεύουν μέσα στο νερό. Η νύμφη απογοητευμένη και προκειμένου να μη χάσει τον αγαπημένο της, παρακάλεσε τους θεούς να τους ενώσουν και να τους κάνουν ένα στην κυριολεξία.
Το θαύμα έγινε στη στιγμή. Τα σώματα των δύο νέων έσμιξαν ώσπου έγιναν ένα, όπως είχε ζητήσει η νύμφη. Από το νερό τελικά αναδύθηκε ένα πλάσμα που δεν ήταν ούτε αρσενικό ούτε θηλυκό, αλλά είχε χαρακτηριστικά και από τα δύο φύλα.
Ο Ερμαφρόδιτος όταν διαπίστωσε τι του είχε συμβεί απευθύνθηκε στους θεούς γονείς του και ζήτησε, όποιος άνδρας έπεφτε στα νερά της πηγής να βγαίνει μισός άντρας και μισός γυναίκα. Ο Ερμής και η Αφροδίτη άκουσαν τις ικεσίες του γιου τους και «μάζεψαν» τα νερά της πηγής. Έτσι όποιος έπεφτε στο νερό αποκτούσε διττή φύση γι’ αυτό το όνομα του Ερμαφρόδιτου ταυτίστηκε με αυτή τη γενετική ανωμαλία και στην επιστήμη.