Η ιστορία της Άμφισσας ξεκινάει από την αρχαιότητα, αφού κατοικείτο από τους πανάρχαιους χρόνους όπως μαρτυρούν τα “Κυκλώπεια Τείχη” της Ακρόπολής της αλλά και η αναφορά του Παυσανία σε δύο αξιομνημόνευτους τάφους που υπήρχαν στην πόλη, της Άμφισσας και του Ανδραίμονος, που ήταν πατέρας του βασιλέα των Αιτωλών και ήρωα του Τρωικού πολέμου, Θόαντος. Η Άμφισσα αποτελούσε μεγάλη πόλη-κράτος και πρωτεύουσα των Εσπερίων ή Οζολών Λοκρών. Ο Ηρόδοτος την αναφέρει ως “ύπερθεν του Κρισαίου πεδίου”.
Σύμφωνα με τον Αριστοτέλη, ο οποίος αναφέρει πως “Άμφισσα ονομάσθη δια το όρεσιν περιέχεσθαι”, η ονομασία της Άμφισσας προέρχεται από το ρήμα αμφιέννυμι, που σημαίνει ‘περιβάλλω’, επειδή η πόλη περιβάλλεται από βουνά (Γκιώνα και Παρνασσός). Κατά τη μυθολογία, η πόλη οφείλει το όνομά της στην Άμφισσα, κόρη του Μάκαρος και ερωμένη του θεού Απόλλωνα.
Από τον 8ο αιώνα π.Χ., διατηρούσε εμπορικές σχέσεις με την Κόρινθο και με πόλεις της βορειοδυτικής Πελοποννήσου. Τον 7ο αιώνα π.Χ. η Άμφισσα οργανώθηκε ως πόλη-κράτος με τις τέχνες και το εμπόριο να γνωρίζουν άνθηση που διήρκεσε για τρεις αιώνες.
Το 653 π.Χ. κάτοικοι της πόλης και της ευρύτερης περιοχής μετανάστευσαν στην Κάτω Ιταλία όπου ίδρυσαν την αποικία των Επιζεφύριων Λοκρών, μια πόλη που υπάρχει μέχρι σήμερα με το όνομα Locri.
Στον Πελοποννησιακό Πόλεμο (431 π.Χ. – 404 π.Χ.), οι Αμφισσείς τάχθηκαν με το μέρος των Σπαρτιατών εναντίον των Αθηναίων. Το 338 π.Χ. η Άμφισσα καταστράφηκε από τον Φίλιππο Β’ της Μακεδονίας, ο οποίος έχοντας κληθεί από τους Αμφικτύονες και ως προϊστάμενος του Αμφικτυονικού Συνεδρίου των Δελφών, κατά τον Δ΄ Ιερό Πόλεμο την κατέσκαψε εκ θεμελίων και γκρέμισε την ακρόπολή της, ως τιμωρία επειδή οι Αμφισσείς είχαν καταδικαστεί για ασέβεια και αρνούνταν να πληρώσουν πρόστιμο, εξαιτίας του ότι είχαν καλλιεργήσει παράνομα κτήματα του Κρισαίου Πεδίου που ανήκαν στους Δελφούς.
Η πόλη ανοικοδομήθηκε και αποτέλεσε μέρος της πανίσχυρης Αιτωλικής Συμπολιτείας, από τον 3ο αιώνα π.Χ., και μια από τις σπουδαιότερες πόλεις της, με την οποία πήρε μέρος, το 278 π.Χ., στη νικηφόρα μάχη κατά των Γαλατών, που εδραίωσε την κυριαρχία της Συμπολιτείας στον Ελληνικό χώρο.
Κατά το 2ο αιώνα π.Χ. η Άμφισσα γνώρισε την μεγαλύτερη ακμή της, κόβοντας δικά της νομίσματα, ενώ διέθετε Βουλή και Εκκλησία του Δήμου, όταν, σύμφωνα με το δόγμα της Ρωμαϊκής Συγκλήτου που κήρυξε στη Κόρινθο, κατά τη διάρκεια των Ισθμίων, ο Ρωμαίος ύπατος Τίτος Κόιντος Φλαμινίνος, αποτέλεσε ανεξάρτητη πόλη και πρωτεύουσα της Οζολίας Λοκρίδας. Το 190 π.Χ. ο Ρωμαίος ύπατος Μάνιος Ακίλιος Γλαβρίωνας απέτυχε να εκπορθήσει την πόλη, ενώ αργότερα, η πόλη θα συνάψει ειρήνη με τη Ρώμη και θα παραμείνει ως ανεξάρτητη πολιτείd χωρίς να πληρώνει φόρους στη Ρώμη.
Την περίοδο 174 π.Χ. – 160 π.Χ. γνώρισε μεγάλες καταστροφές από τον πόλεμο μεταξύ των φιλορωμαίων Αιτωλών και των αυτονομιστών, και πολλά κτήριά της πυρπολήθηκαν. Το 27 π.Χ. ο Οκταβιανός Αύγουστος, σε ανάμνηση της νίκης του στο Άκτιο, ίδρυσε τη Νικόπολη, αλλά πολλοί Αιτωλοί δεν υπάκουσαν στη διαταγή του να εποικίσουν τη νέα πόλη και προτίμησαν να μετοικήσουν στην Άμφισσα, όπως τους υπαγόρευαν αρχαιότατοι συγγενικοί δεσμοί. Τότε η Άμφισσα απέκτησε τεράστιο πληθυσμό και έγινε μία από τις πλέον ακμάζουσες πόλεις της Ελλάδας των αυτοκρατορικών ρωμαϊκών χρόνων, ακμή που κράτησε για τουλάχιστον δύο αιώνες.
Στις αρχές του 13ου αιώνα και με την έναρξη της Φραγκοκρατίας στην Ελλάδα, η Άμφισσα μετονομάστηκε από τους Φράγκους κατακτητές σε La Sole και στα ελληνικά (τα) Σάλωνα. Για την προέλευση της ονομασίας Σάλωνα, η οποία διατηρήθηκε μέχρι και το τέλος της Τουρκοκρατίας, υπάρχουν διαφορετικές εκδοχές.
Μία από αυτές υποστηρίζει πως το όνομα αποτελεί παραφθορά της λέξης Σαλονίκη και δόθηκε στην Άμφισσα από τον Βασιλιά της Θεσσαλονίκης, Βονιφάτιο Μομφερρατικό, ο οποίος κατέλαβε την Άμφισσα και την υπόλοιπη νότια Ελλάδα. Σύμφωνα με μία άλλη εκδοχή, η ονομασία προέρχεται από τη συνεκφορά έσω αλώνια, με την οποία αναφέρονταν οι κάτοικοι σε περιοχή της Άμφισσας, η οποία παρεφθάρει σε εσάλωνα και σάλωνα, κατά το Σεπόλια (έσω πόλις).
Τέλος, υπάρχει η άποψη πως η νέα ονομασία της πόλης προέρχεται από τη λέξη σάλος που σημαίνει ‘τράνταγμα’ (τα σάλωνα, δηλαδή ‘που τραντάζονται, σαλεύουν’), εξαιτίας των πολλών σεισμών που συνέβαιναν στην περιοχή.