Ο υπολογισμός της γενετικής αλληλουχίας του ιού ειναι το κρίσιμο βήμα για τον εντοπισμό της επόμενης δυνητικά επικίνδυνης παραλλαγής κορονοϊού. Xάρη στο προηγμένο της σύστημα, η Νότιος Αφρική κινήθηκε γρήγορα εντόπισε την μετάλλαξη «Όμικρον» και δέχθηκε τα εύσημα απο την παγκόσμια κοινότητα. Ποιες άλλες χώρες κατέχουν…το μυστικό;
Οι επιστήμονες υπολογίζουν τη γενετική αλληλουχία του ιού, η οποία περιλαμβάνει τον προσδιορισμό της σειράς των βασικών δομικών στοιχείων ή νουκλεοτιδίων που συνθέτουν το γονιδίωμα.Τα δεδομένα αλληλουχίας γονιδιώματος τα οποία κοινοποιούνται παγκοσμίως στη δημόσια βάση δεδομένων GISAID.
Όταν οι Νοτιοαφρικανοί επιστήμονες ανακοίνωσαν ότι είχαν εντοπίσει μια νέα παραλλαγή του κορονοϊού με ανησυχητικά υψηλό αριθμό μεταλλάξεων, επαινέθηκαν για το πόσο γρήγορα μπόρεσαν να την εντοπίσουν.
Η χώρα έδρασε γρήγορα γιατί είχε ένα ισχυρό πρόγραμμα γονιδιωματικής αλληλουχίας, το οποίο επέτρεψε στους επιστήμονες να αναγνωρίσουν τις δυνητικά ανησυχητικές ιδιότητες της παραλλαγής που είναι τώρα γνωστή ως «Όμικρον»
Όταν οι ιοί εξαπλώνονται στους πληθυσμούς, μεταλλάσσονται. Οι περισσότερες μεταλλάξεις δεν αλλάζουν σημαντικά τη συμπεριφορά ενός ιού, αλλά ορισμένες μπορεί να είναι ανησυχητικές.
Μετάλλαξη Όμικρον: H «πολύτιμη αποκωδικοποίηση»
Η γονιδιωματική αλληλουχία περιλαμβάνει την αποκωδικοποίηση του γενετικού υλικού ενός ιού για τον εντοπισμό των μεταλλάξεων και τον προσδιορισμό της επίδρασης που μπορεί να έχουν στον ιό. Για παράδειγμα εάν θα μπορούσαν να τον καταστήσουν πιο μεταδοτικό ή πιο επικίνδυνο από την άποψη της σοβαρότητας της ασθένειας που μπορεί να προκαλέσει.
Η διαδικασία γίνεται σε εργαστήριο, ξεχωριστά από το τεστ για τον κορονοϊό. Μπορεί να διαρκέσει από μερικές ώρες έως αρκετές εβδομάδες και κάθε χώρα έχει διαφορετική προσέγγιση.
Οι προσπάθειες αλληλουχίας σε όλο τον κόσμο αφήνουν πολλά περιθώρια βελτίωσης, αλλά η ανακάλυψη της παραλλαγής «Όμικρον» από τη Νότια Αφρική είναι ένα παράδειγμα του πώς οι εστιασμένες προσπάθειες μπορούν να κάνουν τη διαφορά.
«Η ταυτοποίηση της Όμικρον υπογραμμίζει τη συνεχιζόμενη σημασία και την ανάγκη για γονιδιωματική επιτήρηση του SARS-CoV-2 και πρόσβαση σε σχετικά δείγματα για να γίνει αυτό», λέει η Σάρον Πίκοκ, καθηγήτρια Δημόσιας Υγείας και Μικροβιολογίας στο Πανεπιστήμιο του Κέιμπριτζ.
Το Υπουργείο Υγείας της Νότιας Αφρικής και οι επιστήμονές του «επικροτούνται για την ανταπόκρισή τους, την επιστήμη τους και την ετοιμότητά τους που σήμανε συναγερμό για τον κίνδυνο σε όλο τον κόσμο».
Μετάλλαξη Όμικρον: Ποιες είναι οι «χώρες πρότυπο»
Τις τελευταίες 30 ημέρες στη διάρκεια των οποίων η «Όμικρον» ήρθε στο παγκόσμιο προσκήνιο, λιγότερο από το ένα τρίτο των χωρών και των περιοχών ερεύνησαν τα κρούσματα για να εντοπίσουν πώς άλλαξε ο ιός με την πάροδο του χρόνου, σύμφωνα με την ανάλυση του CNN στα δεδομένα που που αναφέρθηκαν στην παγκόσμια επιστημονική πρωτοβουλία GISAID.
Το 1/3 σχεδόν των 241 χωρών και εδαφών που παρακολουθούνται από τον Gisaid δεν έχουν καταφέρει να «ακολουθήσουν» περισσότερα από 100 δείγματα κατά τη διάρκεια της πανδημίας.
Τον περασμένο μήνα, όταν η μετάλλαξη Όμικρον έγινε η πιο πρόσφατη «μετάλλαξη ανησυχίας», μόνο δώδεκα χώρες διεξήγαγαν αλληλουχία για περισσότερο από το 5% των περιπτώσεων Covid-19. Aυτές οι χώρες ήταν η Δανία, το Μπαχρέιν, το Ισραήλ, η Καμπότζη, η Σουηδία, το Ηνωμένο Βασίλειο, η Γκάνα, το Λουξεμβούργο, η Σενεγάλη, η Αρούμπα, η Νέα Ζηλανδία και η Μποτσουάνα.
Άλλες 63 χώρες ανέφεραν ιογενή δεδομένα για έναν μικρό αριθμό κρουσμάτων τον περασμένο μήνα, αλλά περισσότερες από 100 άλλες που το είχαν κάνει νωρίτερα στην πανδημία δεν ανέφεραν καμία αλληλουχία τον περασμένο μήνα.
Ωστόσο, οι αριθμοί δεν λένε όλη την ιστορία. Ορισμένες χώρες μπόρεσαν να αλληλουχήσουν μεγάλα ποσοστά των κρουσμάτων τους επειδή τα συνολικά επίπεδα μόλυνσης δεν είναι πολύ υψηλά. Αυτό συνέβη στη Δανία, το Μπαχρέιν και το Ισραήλ, για παράδειγμα που επί του παρόντος δεν παρουσιάζουν μεγάλες αυξήσεις στα κρούσματα.
Μετάλλαξη Όμικρον: Οι «κακοί μαθητές»
Το Ηνωμένο Βασίλειο ξεχωρίζει ως η μόνη χώρα που έχει υψηλό αριθμό κρουσμάτων και εξακολουθεί να είναι σε θέση να ακολουθήσει υψηλό ποσοστό των δειγμάτων του — 13% τον περασμένο μήνα και κατά μέσο όρο. Οι ΗΠΑ πάλι υστερούν με μόλις 2,6% περιπτώσεις αλληλουχίας τις τελευταίες 30 ημέρες και 4% συνολικά, σύμφωνα με τη βάση δεδομένων.
Ακόμη και μια μικρή αλληλουχία μπορεί να είναι χρήσιμη. Η Νότια Αφρική, για παράδειγμα, εξέτασε την αλληλουχία μόνο στο 0,3% των κρουσμάτων της τον περασμένο μήνα και στο 0,8% των περιπτώσεων συνολικά κατά τη διάρκεια της πανδημίας.
Ωστόσο, το υπουργείο Υγείας της χώρας και οι επιστήμονές του επικέντρωσαν τις προσπάθειές τους εκεί που είχε σημασία. Όταν παρατήρησαν ότι τα κρούσματα Covid-19 άρχισαν να αυξάνονται με πολύ υψηλότερο ρυθμό στην επαρχία Γκαουτένγκ σε σύγκριση με την υπόλοιπη χώρα, στόχευσαν εκεί τα δείγματα αλληλουχίας — και με αυτόν τον τρόπο εντόπισαν τη νέα παραλλαγή.
Με πληροφορίες απο CNN
Ειδήσεις από την Ελλάδα και τον Κόσμο, τη στιγμή που συμβαίνουν, στο Newsbomb.gr.