Οι υποθέσεις που θα ελεγχθούν κατά προτεραιότητα από τις ελεγκτικές υπηρεσίες Κ.Ε.ΜΕ.ΕΠ., Κ.Ε.ΦΟ.ΜΕ.Π. και Δ.Ο.Υ. καθορίζονται με απόφαση του διοικητή της Ανεξάρτητης Αρχής Δημοσίων Εσόδων, Γιώργου Πιτσιλή.
Σύμφωνα με την απόφαση, με την οποία δίδονται συγκεκριμένες οδηγίες προς τον ελεγκτικό μηχανισμό, οι υποθέσεις αυτές είναι οι ακόλουθες:
Υποθέσεις που αφορούν σε εκθέσεις έρευνας των Υ.Ε.Δ.Δ.Ε.
Υποθέσεις που αφορούν σε πορισματικές εκθέσεις που διαβιβάζονται στην Α.Α.Δ.Ε. από τη Διεύθυνση Ερευνών Οικονομικού Εγκλήματος Υποθέσεις που αφορούν σε επιστροφές φόρων.
Υποθέσεις που αφορούν σε έλεγχο βάσει δείγματος, δικαιούχων που έτυχαν επιστροφής Φ.Π.Α., καθώς και δικαιούχων νομικών προσώπων και νομικών οντοτήτων που έτυχαν επιστροφής φόρου εισοδήματος, χωρίς έλεγχο.
Υποθέσεις για τις οποίες έχει εκδοθεί σημείωμα διαπιστώσεων με τα αποτελέσματα του φορολογικού ελέγχου και προσωρινός προσδιορισμός φόρων και προστίμων κατά τη δημοσίευση της Απόφασης.
Υποθέσεις για τις οποίες επίκειται η έκδοση σημειώματος διαπιστώσεων και προσωρινού προσδιορισμού φόρου και προστίμου.
Υποθέσεις που προέκυψαν από εισαγγελικές παραγγελίες, εντολές ανακριτικών και προανακριτικών πράξεων, περιλαμβανομένων αιτημάτων και εντολών διενέργειας φορολογικών ελέγχων που έχουν προκύψει από εντολή οποιασδήποτε Εισαγγελικής ή Δικαστικής Αρχής και διατηρούνται στην Α.Α.Δ.Ε.
Υποθέσεις των Δ.Ο.Υ και Υ.Ε.Δ.Δ.Ε. που αφορούν σε διενέργεια μερικού επιτόπιου ελέγχου διαπίστωσης της εκπλήρωσης των φορολογικών υποχρεώσεων, της τήρησης των βιβλίων και της έκδοσης των φορολογικών στοιχείων, για φορολογουμένους που ασκούν οποιαδήποτε δραστηριότητα ή διακινούν αγαθά.