Υπάρχουν δύο ξεχωριστές μυθικές παραδόσεις για την Αρμονία: η μία είναι θηβαϊκή, η άλλη συνδέεται με τη λατρεία των θεών της Σαμοθράκης. Και οι δύο έχουν ένα κοινό σημείο· και στη μία και στην άλλη η Αρμονία είναι γυναίκα του Κάδμου.
Στη θηβαϊκή παράδοση η Αρμονία είναι κόρη του Άρη και της Αφροδίτης. Ο Δίας ο ίδιος την πάντρεψε με τον Κάδμο. Ο γάμος έγινε επάνω στην Καδμεία (την ακρόπολη της Θήβας). Οι θεοί παρευρέθηκαν στο γάμο, όπως παρευρέθηκαν αργότερα και στο γάμο της Θέτιδας και του Πηλέα. Έφεραν δώρα, από τα οποία τα πιο φημισμένα ήταν ένας πέπλος και ένα περιδέραιο. Ο πέπλος ήταν δώρο της Αθηνάς (ή της Αφροδίτης) —το είχαν υφάνει οι Χάριτες— και το περιδέραιο του Ήφαιστου.
Έλεγαν επίσης πως αυτό το περιδέραιο και αυτός ο πέπλος είχαν δοθεί στην Αρμονία από τον ίδιο τον Κάδμο, ο οποίος το είχε στην κυριότητά του έμμεσα από την Ευρώπη, στην οποία τα είχε χαρίσει άλλοτε ο Δίας, την εποχή των ερώτων τους. Μια άλλη τέλος παράδοση βεβαίωνε πως αυτός ο πέπλος ήταν έργο της Αθηνάς και του Ήφαιστου και πως οι δύο θεότητες τον είχαν εμποτίσει με ένα φίλτρο, που δηλητηρίασε τους απογόνους της Αρμονίας.
Ο λόγος αυτής της πράξης ήταν το μίσος που είχαν ο Ήφαιστος και η Αθηνά εναντίον της Αρμονίας, γιατί είχε γεννηθεί από τους έρωτες του Άρη και της Αφροδίτης. Αυτά τα δύο θεϊκά δώρα επρόκειτο ύστερα να παίξουν μεγάλο ρόλο στη μυθική παράδοση των Επτά αρχηγών. Αργότερα τα πρόσφεραν ως αφιέρωμα στους Δελφούς και τα έκλεψαν την εποχή του Φιλίππου της Μακεδονίας.
Στις παραδόσεις της Σαμοθράκης η Αρμονία, αντί να είναι κόρη του Άρη και της Αφροδίτης, είναι κόρη του Δία και της Ηλέκτρας, μιας από τις κόρες του Άτλαντα. Είναι κατά συνέπεια αδελφή του Δάρδανου και του Ιασίονα.
Ο Κάδμος, λένε, τη συνάντησε στο νησί, τότε που πέρασε από εκεί αναζητώντας την αδελφή του Ευρώπη, που την είχε απαγάγει ο Δίας. Οι γάμοι της Αρμονίας και του Κάδμου έγιναν στη Σαμοθράκη με τις ίδιες συνθήκες με τις οποίες έγιναν και στη θηβαϊκή παράδοση. Διηγούνταν ακόμα πως ο Κάδμος είχε κλέψει την Αρμονία με τη βοήθεια της Αθηνάς.
Ο Κάδμος και η Αρμονία απέκτησαν πολλά παιδιά. Στο τέλος της ζωής τους εγκατέλειψαν το βασίλειο της Θήβας και πήγαν στην Ιλλυρία, όπου τελικά μεταμορφώθηκαν σε φίδια.
Το όνομα της Αρμονίας συνδέεται επίσης με την αφηρημένη έννοια αρμονία, που συμβολίζει την ομόνοια, την ισορροπία, κτλ. Αυτή η Αρμονία δεν έχει μύθους με την κυριολεκτική σημασία του όρου. Εμφανίζεται συνήθως στην ακολουθία των Χαρίτων και της Αφροδίτης.
Οι μεταγενέστερες παραδόσεις έχουν την τάση να τη συγχέουν με τη γυναίκα του Κάδμου.