Ήδη πριν την Άλωση της Πόλης οι ανθενωτικοί εξέφραζαν την προτίμησή τους στην τουρκική κατάκτηση έναντι των κακόδοξων Ρωμαιοκαθολικών. Όχι τυχαία μετά την Άλωση ο Μωάμεθ Β’ «πορθητής» επέλεξε για πατριάρχη τον Γεννάδιο Σχολάριο, φανατικό υπέρμαχο της αντιδυτικής πολιτικής, ο οποίος κατά τη διάρκεια της πολιορκίας επέδειξε στάση αγγίζουσα την προδοσία.
Στο διάστημα των αιώνων της τουρκοκρατίας η στάση της εθναρχούσας εκκλησίας δεν άλλαζε και για λόγους ανάγκης, ενίοτε. Έτσι η άλωση δικαιολογείτο ως θεϊκή παραχώρηση λόγω των αμαρτημάτων του λαού των Ρωμαίων και προβαλλόταν το δόγμα της υποταγής στην τουρκική εξουσία.
Με εξαίρεση φωτεινά παραδείγματα πατριαρχών η στάση του Οικουμενικού Πατριαρχείου δεν άλλαξε σημαντικά στους αιώνες της σκλαβιάς. Αυτό σε πολλές περιπτώσεις έγινε διότι απλούστατα δεν υπήρχε άλλη επιλογή.
Υπήρξαν όμως και περιπτώσεις αισχρής διδασκαλίας υποταγής και επίθεσης κατά όσων αντιδρούσαν, όπως αυτή του Μάξιμου του Πελοποννήσιου κατά του επαναστάτη επισκόπου Διονύσιου του λεγόμενου «σκυλόσοφου».
Με την εμφάνιση του Διαφωτισμού όμως η θέση του Πατριαρχείου κατέστη δεινή. Το κήρυγμα για ελευθερία ανθρώπων και λαών απλώθηκε. Ο εθνομάρτυρας Ρήγας Φεραίος εκδίδει το «σύνταγμά» του και τη Χάρτα του. Απέναντί του είναι όλες οι πιστές στο δόγμα της υποταγής δυνάμεις.
Το 1798 το Πατριαρχείο εκδίδει την «Πατρική Διδασκαλία» ένα έργο που αν το έγραφε ο Τούρκος σουλτάνος πιθανώς θα ήταν πιο απαλό… «Ο Θεός ύψωσε την βασιλείαν αυτήν των Οθωμανών περισσότερον από κάθε άλλην, διά να αποδείξη αναμφιβόλως ότι θείω εγένετω βουλίματι… εμεθοδεύθη εις τον τρέχοντα αιώνα μιαν άλλην πονηρίαν και απάτην ξεχωριστήν, δηλαδή τον νυν θρυλούμενον σ΄συτημα της ελευθερίας… δέλεαρ του διαβόλου και φαρμάκι ολέθριον διά να κατακρημνίση τους λαούς εις την απώλειαν και ακαταστασίαν… Αδελφοί μη πλανηθήτε… κλείσατε τα αυτιά σας και μη δώσετε καμίαν ακρόασιν εις ταύτας τας νεοφανείς ελπίδας της ελευθερίας… φυλάξατε στερεάν την πίστιν και ως οπαδοί του Ιησού Χριστού απαρασάλευτον την υποταγήν εις την πολιτικήν διοίκησην…», έγραφε μεταξύ άλλων.
Απάντηση στο άθλιο, ανεξαρτήτως της σκοπιμότητάς του, αυτό έργο, έδωσε ο Αδαμάντιος Κοραής με την «Αδελφική Διδασκαλία». Γράφει ο δάσκαλος του γένους: «Ο φιλότουρκος συγγραφεύς επιχείρησε να κοιμίσει την δικαία των Γραικών αγανάκτησιν… οι τυραννούμενοι έχουν το αναπαλλοτρίωτον δικαίωμα του να ζητώσι παντοίους τρόπους , διά να διαρρήξωσι τον ζυγόν της τυραννανίας…».
Αναφερόμενος δε στον Ρήγα και τους συντρόφους του έγραφε: «Παρίστανται ίσως ταύτην τη ώραν δέσμιοι έμπροσθεν του τύραννου οι γενναίοι ούτοι της Ελευθερίας μάρτυρες. Ίσως ταύτην την ώραν κατεβαίνει εις τα ιεράς κεφαλάς των η μάχαιρα του δημίου, εκχέεται το γενναίον ελληνικόν αίμα…».
Την απάντηση στον Κοραή έδωσαν πάλι οι του Πατριαρχείου μέσω ενός νέου κειμένου με τον τίτλο «Χριστιανική Απολογία» όπου εμπεδώνεται το δόγμα της δουλικής υοποταγής στους Τούρκους. Κατά τον συγγραφέα της «Χριστιανικής Απολογίας» (πιθανότατα του Αθανασίου του Παρίου) οι άνθρωποι δεν γεννιούνται και δεν μπορούν να είναι ελεύθεροι, οι άνθρωποι δεν είναι ίσοι.
Το ίδιο έτος με πατριαρχική επιστολή καταδικάζεται το «σύνταγμα» (Νέα Πολιτική Διοίκησις) του Ρήγα Φεραίου.
Το 1805 ο Αθανάσιος Πάριος εκδίδει το «Νέον Ραψάκη» στο οποίο επιτίθεται άγρια στον νεκρό πλέον Ρήγα Φεραίο, δικαιολογώντας ακόμα και τον θάνατό του από τους Τούρκους.
«Η Θεία Πρόνοια ηλέησε το γένος των χριστιανών και προτού διαδοθούν εις τον κόσμο εκείνα τα κακέμφατα ρόπαλα (εννοεί το ρόπαλο του Ηρακλή, σύμβολο του Ρήγα), έκαμε και εφανερώθη η αντίθεος αυτή σκευωρία και παρεδόθησαν εις το πυρ. Και οι κατά των ιδίων δεσποτών την κοινήν και καινήν ευτρεπίσαντες μάχαιραν, μάχαιραν, εύρον μισθόν του παραλόγου ζήλου αυτών…».
Ένας από τους λόγους που το Πατριαρχείο ήταν απέναντι στην ιδέα της εξέγερσης κατά των Τούρκων ήταν η θέλησή του να προστατεύσει τους Έλληνες από τις τουρκικές σφαγές. Άλλος λόγος ήταν η απέχθειά του προς κάθε τι δυτικό.
Είναι αλήθεια πως στον καιρό της τουρκοκρατίας το πατριαρχείο εξέδωσε εκατοντάδες επιστολές και συγγράμματα κατά των δυτικών και των Ρωμαιοκαθολικών, αλλά ελάχιστα που να αντικρούουν το Ισλάμ. Και όμως ο κίνδυνος για το γένος δεν ήταν να «φραγκέψουν», αλλά να «τουρκέψουν».
Και οι μεν φραγκεμένοι, λόγιοι στην πλειοψηφία τους, συνέχισαν να αγωνίζονται για την πατρίδα και από την Ευρώπη. Οι τουρκεμένοι όμως, που ήταν και η τεράστια πλειοψηφία των εμψύχων απωλειών του ελληνικού γένους στους αιώνες της σκλαβιάς, χάνονταν διά παντώς…
Το τούρκεμα δεν ήταν απλώς αλλαγή θρησκείας… Δυστυχώς τέτοιες νοοτροπίες υπάρχουν μέχρι και σήμερα με μερίδα ορισμένων να εξυμνούν ακόμα και την Άλωση ως ψυχωφελή για τους Έλληνες.